Waardoor fibromyalgie ontstaat is helaas onbekend. Wel zijn er verscheidende theorieën. Doordat de aandoening zich
het vaakst uit in pijnlijke spieren wordt
de ziekte ingedeeld onder reuma.
Onderzoek toont meer en meer aan dat
de hersenen een grote rol spelen,
met name neurotransmitters. Dit zijn
moleculen die de signalen verzorgen 
tussen de zenuwcellen, deze vliegen razendsnel door het zenuwstelsel.
Er zijn aanwijzingen dat een afwijkende aanmaak fibromyalgie veroorzaakt.
Vandaar dat fibromyalgie veelal ook
andere delen van het lichaam, als op afbeelding hiernaast, treft.
Een ander vermoeden is dat de perifere zenuwen zijn bekneld geraakt.